Entre outras funções, o presidente deve representar a CEM perante as instâncias superiores, inclusive no Cremesp; convocar as reuniões ordinárias e extraordinárias da Comissão (o secretário vai substituí-lo, em seus impedimentos ocasionais); solicitar a participação dos membros suplentes nos trabalhos da CEM, sempre que necessário. 

O presidente também vai encaminhar ao Cremesp as sindicâncias devidamente apuradas pela CEM e nomeará membros sindicantes para convocar e realizar audiências, analisar documentos e elaborar relatório à Comissão de Ética Médica, quando da apuração de sindicâncias.